Para borrar un grupo funcional vamos a Administración > Permisos > Grupos funcionales:

En el listado identificamos el grupo funcional a borrar y hacemos clic en el siguiente icono:

Luego confirmamos la acción y se borrará el grupo funcional.

Tener en cuenta que para que se pueda eliminar un grupo funcional, el mismo no debe estar asociado a ningún elemento iWeb como conjuntos de grupos funcionales, documentos, procesos, etc.
En caso contrario, el sistema nos impedirá borrar el grupo funcional, mostrándonos el detalle de dónde se encuentra asignado el grupo funcional:

Lo que debemos hacer entonces es eliminar la asociación existente con los elementos iWeb que nos indica y luego podremos borrar el grupo funcional.
En la pantalla anterior vemos que el grupo funcional está incluido en 15 conjuntos de grupos funcionales y asociado a 5 documentos, por lo cual deberíamos modificar esos conjuntos y documentos.